Pour charger un fichier css spécifique à un fichier ajax chargé par exemple dans une floatbox (boîte modale), comme l'en-tête a déjà été envoyée, il faut rajouter le lien vers ce fichier css dans l'en-tête existante.

Code à ajouter dans le fichier html ou php appelé en ajax

<script type="text/javascript">
    if (!($('#ajaxCss').length)) { // vérifie s'il a déjà été chargé
        $("head").append("<link>");
        $("head").children(":last").attr({
          id:   "ajaxCss",
          rel:  "stylesheet",
          type: "text/css",
          href: "./votre-fichier.css"
        });
    }
</script>

Pour attendre la fin du chargement du fichier css pour afficher le contenu du fichier ajax

Incluez votre code html dans une balise :

<div id="ajaxMainFrame" style="visibility: hidden;"></div>

Et rajoutez dans le fichier css :

#ajaxMainFrame {
    visibility : visible !important;
}